La única herramienta que necesitaremos es el FFMPEG. Haz click en el link para descargarla:

ffmpeg

Pasos:

Ejecutar ffmpegui.exe

Hacer click en el botón "Browse" del campo Audio Source para cargar nuestro WAV o MP3:

Seleccionamos el archivo WAV o MP3 que queremos convertir a AC3. Una vez seleccionado, aceptamos y volvemos a la ventana principal.
Las opciones estándar son como se muestran en el gráfico de abajo:

Una vez seteado todo, debemos seleccionar el directorio donde vamos a guardar nuestra conversión. Presionar el botón "Browse" en el campo "Audio Output":

Seleccionamos un directorio y le ponemos nombre a nuestro archivo. Luego presionamos el botón guardar.

Para finalizar, debemos presionar el botón "Convert", y nuestro audio será convertido a AC3.