Nota: este método hace que los subtítulos sean permanentes. No podrán ser removidos del video. El video completo tendrá que ser recomprimido. Dependiendo de la máquina, el proceso puede llevar varias horas, y el video perderá calidad..

Primero y principal, hay que conseguir las herramientas. Haz click en cada una para descargarla si todavía no las tienes:

Virtualdub
Virtualdub Subtitle Filter
Subtool
SRTtoSSA
Gspot
Minicalc

PASO 1: Convertir los subtitulos:

Los subtitulos deben ser convertidos a .ssa para poder utilizarlos. Para convertirlos a .ssa deben estar en formato .srt. si los subs no estan en formato .srt, haga click aqui para ver como convertirlos a .srt.
Si los subtitulos ya estan en formato .srt, abrir el programa SRTtoSSA.

En archivo de entrada (input file en ingles), seleccionar el subtitulo a convertir. Al seleccionarlo, automaticamente se completara el campo archivo de salida (output file en inglés).
Básicamente, las opciones por defecto en el programa estan correctas. Si quieren cambiar algo, pues vayan haciendo pruebas modificando los valores de cada opción.
Al finalizar, presionar el boton "convertir" (convert en ingles) y el subtítulo será guardado.

Nota: si antes de aparecer el cartel "conversión finalizada", aparece otro que dice algun tipo de error, clickeen aqui.

PASO 2: Agregar los subtitulos

Extraer el Virtualdub Subtitle Filter a la carpeta "plugins" del directorio Virtualdub.
Ahora abrimos el Virtualdub.
Ir al menú File.....open video file y abrir el video.
Una vez abierto el video, ir al menú Video y seleccionar "Full Processing mode".

Nuevamente ir al menú Video.....seleccionar filters
Seleccionar Add y luego seleccionar Subtitler y presionar ok

Abrir ahora el subtitulo convertido a .ssa presionando en el boton "..." y luego presionar ok.

Al presionar en el boton OK volvemos a la ventana principal de Virtualdub. Para ver si estamos satisfechos con el tamaño y color del subtitulo, arrastramos la barra que se encuentra debajo de las dos pantallas.

PASO 3: Codificar el Xvid.

Antes de codificar el video, necesitamos averiguar unos datos. Ejecutar el Gspot.

En el Gspot, ir a File, Open y seleccionar el video.
Aqui debemos fijarnos y recordar dos datos: El Framerate y la duración (Duration). En este caso, el framerate es de 25.000 FPS y la duración es de 1h 17m 42s.
Cerrar el Gspot y abrir el MiniCalc.

En el campo "Lenght" completar con la duración del video que anotamos del GSpot. Siempre conviene agregar un minuto para tener un margen de capacidad en el CD. Si el video dura 1h 17m 42s, poner 1h 18m 42s.
En el campo "FPS" seleccionar el framerate del video que anotamos del GSpot. (en este caso, 25.000).
En el campo "Final Desired Size" seleccionar la capacidad del CD donde vamos a guardar el video.
Los demas campos deberían estar como los muestra la imagen de arriba.
Una vez completados los campos, presionar el botón "Generate" y anotar el número que sale en el campo "Avg Bitrate". (en este caso, 1103).

Ahora debemos recodificar el video. Ir al menú Video y seleccionamos "Compression".

Se abrirá la ventana de codecs. Allí seleccionen la compresión que le quieran dar al video. Ya que tratan de subtitular un Xvid, pues seleccionen Xvid (1). Al hacerlo, habilitan el botón "Configure" (2). Hacer click en configure.

A continuación se abrirá el menu de opciones de Xvid.

En nuestro caso, en Encoding Mode, seleccionamos "1 Pass - CBR". Esto dará muy buena calidad en poco tiempo de compresión. Si quieren mayor calidad, seleccionar "2 pass".
En bitrate, ingresar en el campo el número de bitrate que anotamos del resultado con el Minicalc.

Presionar luego el botón "aceptar".
Solo queda ir al menú File y seleccionar "Save as AVI". Poner un nombre y aceptar.

Eso es todo!

PROBLEMAS:

Si el subtitulo original se encuentra en formato .sub en vez de .srt, abrir el programa Subtool.

Abrir el subtitulo.
En "Output Format" seleccionar Subrip.
Presionar el botón "Convert".
Fácil, no?

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Error al convertir los subtitulos .srt a .ssa

La causa más común de este problema es un subtítulo original defectuoso. Cuando el SUBtoSRT avisa del problema, expone exactamente en qué línea del subtítulo esta el problema. Para corregirlo, solo debemos abrir el subtitulo .srt original con el wordpad y corregir el problema.
Por lo general, la causa es que la secuencia de subtitulos es interrumpida. Por ejemplo, salta de la línea 776 a la 778, sin pasar por la 777. Este defecto debe ser corregido si o si, ya que cuando codificamos, el virtualdub dejará de subtitular ante el menor error.
El método más rápido de hacer esto es agregando a mano la linea que falta, comenzando apenas terminó el tiempo de la linea anterior, y haciendola durar un segundo o menos.
Por ejemplo:

 

902
01:01:22,360 --> 01:01:24,851
Te voy a explicar todo.

904
01:01:24,963 --> 01:01:27,625
Tengo planes para aumentar tu papel
dentro de la organización.

905
01:01:27,732 --> 01:01:31,065
Excelente.
¿Dónde nos encontramos?

 

Aquí nos está faltando la línea 903. La forma rápida de corregir esto sería agregando a mano lo siguiente:

 

902
01:01:22,360 --> 01:01:24,851
Te voy a explicar todo.

903
01:01:24,852 --> 01:01:24,853

904
01:01:24,963 --> 01:01:27,625
Tengo planes para aumentar tu papel
dentro de la organización.

905
01:01:27,732 --> 01:01:31,065
Excelente.
¿Dónde nos encontramos?

 

Como pueden ver, lo único que hicimos fue poner el numero que faltaba (903) y abajo copiamos el tiempo donde termina el subtitulo anterior, adelantando una milesima (de 851 a 852), y lo hicimos durar solo hasta 853.
Este método es muy rústico, pero ayudará a los que no sepan utilizar herramientas de corrección de subtitulos.